El Jardín Japonés se construyó gracias al aporte y esfuerzo de la Colectividad Japonesa, como testimonio de la primera visita a Argentina de un integrante de la Familia Imperial Japonesa, el Príncipe Heredero Akihito y la Princesa Michiko, en 1967.
En 1989, la Fundación Cultural Argentino Japonesa, de acuerdo con el Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires, se hizo cargo de la administración de este Jardín, a fin de incrementar las actividades de difusión de la Cultura Japonesa, por medio de Convenciones y eventos culturales que tienen lugar dentro y fuera del País.
En el año 2004, la Subsecretaría de Turismo de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires declara de Interés Turístico al Jardín (según Registro Nº 742 SSTUR. Continuando con las Declaratorias en el año 2006). En el año 2008, se declaró Bien de Interés Histórico Artístico Nacional al Complejo Cultural y Ambiental Jardín Japonés (según Decreto de la Presidencia de la Nación N 652/2008). En Noviembre del 2009, la Legislatura de la Ciudad sanciona la Ley 3308 y, el 23 de Septiembre del 2010, se firma el Convenio para continuar con la administración y el cuidado del Jardín Japonés y la Difusión de la Cultura Japonesa, por 20 (veinte) años más.
Actualmente, el jardín es reconocido a nivel mundial como el Jardín Japonés más grande construido fuera de Japón.