La Gerencia Operativa Museos, dependiente de la Dirección General de Patrimonio, Museos y Casco Histórico, es responsable del desarrollo de estrategias destinadas a promover, rescatar, preservar y acrecentar el patrimonio de sus museos, facilitar el acceso del público a sus colecciones y generar manifestaciones artísticas y culturales vinculadas con el área.
Promoviendo la interrelación de los diversos museos de su dependencia y la comunicación de sus actividades, planifica la incorporación y recuperación de piezas, obras y edificios históricos; organiza actividades de divulgación artística, patrimonial y museológica; fomenta la profesionalización del personal a través de su capacitación, y coordina los asuntos administrativos, presupuestarios y estadísticos de los museos, estimulando la modernización de la gestión de los mismos.
Promueve políticas de intercambio cultural, con el objetivo de alentar y enriquecer la conciencia colectiva de pertenencia, manteniendo contactos con otros museos públicos y privados de nuestro país y del exterior, instituciones y entidades vinculadas al quehacer cultural y diversos organismos gubernamentales, con fines de divulgación, intercambio, comunicación y cooperación interdisciplinaria e interinstitucional. Además, asesora a sus organismos y otras instituciones sobre temas museológicos y culturales.