La historia de esta centenaria institución se remonta a 1888, cuando en razón de la importante epidemia de enfermedades de transmisión sexual, la Comisión de Higiene del Concejo Municipal de la Ciudad de Buenos Aires creó el Dispensario de Salubridad y el Sifilocomio Municipal, destinando una importante suma de dinero para la construcción de un edificio, aún cuando en la práctica y por largos años, se utilizó un antiguo frenocomio privado ubicado en la actual manzana del hospital Fernández.
El sifilocomio funcionó varios años, hasta que comenzó a ser utilizado como hospital general, sin otra relación con el primitivo uso que la de tener una destinada a enfermedades venéreas.
En 1893, bajo la intendencia del Dr. Don Miguel Cané perdió su primitivo nombre, pasándose a llamar Hospital del Norte. Por esa época se lo describía como “un edificio misterioso, chato y oscuro, apartado del centro de la ciudad y escondido en un barrio solitario de calles cortadas, sin pavimento alguno, con grandes baldíos, viviendas miserables e isletas de sauces llorones(...) destinado exclusivamente a la cura y reclusión de mujeres sin hogar, sin nombre y sin honor, víctimas de contagios abominables”.
Entre 1891 y 1897, se construyeron nuevas salas, en la medida que aumentaba su capacidad asistencial, y el 28 de octubre de 1904 se lo incluía oficialmente en el sistema de hospitales generales de la Municipalidad de la Ciudad de Buenos Aires, imponiéndole el nombre de “Dr. Juan Antonio Fernández” en honor al ilustre médico salteño (1786-1855), llamado el Hipócrates argentino por sus alumnos, fundador y primer secretario de la Academia Nacional de Medicina, profesor de clínica médica y primer presidente (equivalente en esa época a decano) de la Facultad de Medicina, hasta su muerte.
Entre 1907 y 1910, se realizaron diversas mejoras, especialmente la construcción de las salas de cirugía, maternidad y niños.
En 1915 se habilitaron tres nuevas salas, con lo que el establecimiento alcanzó las 300 camas. En años posteriores se inauguraron nuevas dependencias: sala de operaciones de la maternidad, servicio de rayos X, etc., superando en un quince por ciento la capacidad ya instalada.
Finalmente, el 23 de diciembre de 1937 se autorizó por ordenanza la reconstrucción total del viejo hospital, las obras comenzaron el 30 de septiembre de 1939.
Años más tarde, en las décadas del 70 y 90, se completaron grandes reformas y equipamientos, hasta desarrollar el importante complejo actual, de excelencia tanto en la asistencia, como en la docencia y la investigación.
